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2003年9月29日市政府第二十次常务会议通过的《上海市九段沙湿地自然保护区管理办法》现予公布，自2003年12月1日起施行。
为了加强对上海九段沙湿地自然保护区生态环境和生态资源的保护，根据《中华人民共和国自然保护区条例》和有关法律法规的规定，结合实际，制定本办法。
上海九段沙湿地自然保护区（以下简称保护区）是以湿地生态系统为保护对象的河口湿地自然保护区。
上海市浦东新区人民政府（以下简称新区政府）受市政府委托，负责保护区的工作，负责保护区规划编制、保护区建设及相关管理活动；上海九段沙湿地自然保护区管理办公室（以下简称“九段沙管理办公室”）是保护区的管理机构，具体负责保护区的日常管理工作。
上海市环保局（以下简称市环保局）负责保护区的综合管理，指导、监督、检查保护区的环境保护工作。
本市发展改革、规划、建设、国土、农林、公安、渔业、海洋、港口、水务等有关部门按照各自职责，协调实施本办法。
保护区范围包括江垭南沙、上沙、中沙、下沙四个沙洲陆域及一定范围内的周边水域。具体范围由新区政府会同市环保局等有关部门提出。经市规划局审核批准后，报市政府批准并公开发行。
因地理环境变化需要调整保护区范围的，新区政府会同市环保局等有关部门提出调整方案，报市规划局审批后报市政府批准并公告。
新区政府根据保护区的自然环境条件和湿地生态保护的需要，会同市环保局制定保护区的生态建设和发展规划，报市政府批准后实施。经批准的保护区生态建设和发展规划，纳入本市和浦东新区国民经济和社会发展规划。
新区政府在编制保护区生态建设和发展规划过程中，应当采取适当形式听取有关专家意见，组织环境影响评价。
根据生态发展特点，将保护区划分为核心区、缓冲区和试验区三大功能区。三大功能区具体范围的确定和调整，由新区政府提出方案，经市自然保护区评估委员会审查后报市政府批准。
在核心区，除科研需要外，必须进入核心区进行科研观察和调查活动，禁止开展其他活动。
缓冲区内，除科研观察、调查、教学实践、标本采集等科研活动外，禁止开展任何开发利用活动。
在试验区内，除开展本条第一款、第二款规定的活动外，还可以开展参观考察、生态旅游、原始物种、珍稀动物繁育等相关活动
（3） 捕获或收集的动植物的名称和数量。需要捕获、采集国家和本市保护的野生动植物的，还应当提供有关行政主管部门颁发的许可证。
九段沙管理局应当自收到申请之日起10个工作日内作出审批决定，并将审批结果和理由书面通知申请人。需要进入核心区进行科研活动的，九段沙管理局应当自收到申请之日起5个工作日内提出初步审查意见，报市环保局批准。市环保局应当自收到初步审查意见之日起5个工作日内作出审批决定，并通知九段沙管理局。九段沙管理局收到市环保局的批准决定后，应当立即书面通知申请人。
九段沙管理局认为申请人进行的科研活动对保护生态环境和生态资源有价值的，可以与申请人签订有关协议，约定科研成果的归属和使用。
在试验区开展参观考察、生态旅游、原始物种、珍稀动植物培育等开发利用活动，应当事先向九段沙管理局提出书面申请，书面申请应当包括下列内容：
九段沙管理局应当自收到申请之日起10个工作日内提出初步审查意见，报新区政府批准。新区政府应当自收到初审意见之日起10个工作日内作出审批决定，并通知九段沙管理局。九段沙管理部门接到新区政府批准决定后，应当立即书面通知申请人，并报市环保局备案。
新区政府和九段沙管理局定期组织保护区环境监测，采取有效措施防治环境污染。
在保护区内发生造成或者可能造成环境污染的事故或者紧急情况时，有关单位或者个人应当立即采取相应的补救措施，消除污染或者避免污染事故的发生，并向九段沙管理局和有关环境监督部门报告管理部门及时进行调查处理。
九段沙管理局要采取有效保护措施，确保国家保护的珍稀动植物如中华鲟、白鲟、小天鹅、小绿鹬等的安全，并将其聚集区划入核心保护区。
在水生生物繁殖区和迁徙路线上，禁止开垦、筑坝等破坏水生生物繁殖环境、阻断迁徙路线的活动。
保护区生态建设需要引进国外木本植物的，由九段沙管理局提出，报市自然保护区评估委员会审查批准后方可引进。
经新区政府批准，如果保护区生态环境受到严重破坏或者出于保护珍稀动植物的目的，九段沙管理局可以采取措施，对保护区内的部分区域进行查封。对封锁区域，除科研人员和有关管理人员必须进入外，其他人员不得进入。
因防洪、救灾、抢险等原因进入保护区的，应当遵守保护区的规定，在有关情况消除后立即退出保护区。
（1） 违反本办法第十一条规定，未经批准在保护区内进行教学、科研活动的，责令退出保护区，可以处一千元以上五千元以下的罚款
（3） 违反本办法第十四条规定，造成或者可能造成保护区环境污染的事故，不采取有关补救措施或者不及时向有关部门报告的，可以处五百元以上五千元以下的罚款
（4） 违反第十六条第一款、第三款、第四款、第五款的规定，擅自进入保护区或者从事破坏湿地生态环境和生态资源的活动的，责令停止违法行为，没收违法所得，可以处以罚款处三百元以上五千元以下罚款；对保护区生态环境造成严重破坏，责令恢复原状或者限期赔偿损失的，可以处一千元以上一万元以下罚款
（5） 违反本办法第十八条第二款的规定，擅自损毁、移动保护区界标和有关保护设施、设备的，责令恢复原状或者赔偿损失，视情节处以100元以上5000元以下的罚款
（6） 违反本办法第十九条规定，有关情况消除后不立即退出预备役的，责令改正；拒不改正的，处300元以上3000元以下罚款。
违反本办法第十三条第二款规定，超过国家和本市规定的污染物排放标准的，由环境保护行政主管部门依照有关法律、法规和规章的规定处理。
在执行本办法过程中，有关管理人员玩忽职守、滥用职权、徇私舞弊、索贿受贿的，由其所在单位或者上级主管部门给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。